時代は大正。
森崎眞一郎と義妹である森崎琴美は、亡くなった母親が遺したカフェーを経営していた。
帝国の優秀な科学者であった父親は、なぜか「あんどろいど」と呼ばれる
カラクリ人形の研究に没頭し始め、周囲の人間からは奇異の目を向けられていた。
　
眞一郎は、世間の冷たい目にさらされ、直後の父親の謎の失踪を通じて
性格が歪み、ケンカに明け暮れる乱暴者として、近所住民から恐れられるようになる。
しっかり者である義妹の琴美は、そんな兄を日々、なだめすかしながら
なんとか、母親の形見のカフェーを経営していた。



そんなある日、店の客といざこざを起し、取っ組み合いのケンカになる眞一郎。
それを必死に止めようとする琴美の間に、突如、轟音と共に店の天井をぶち抜いて、「あんどろいど」の少女が降ってくる。
あまりのことに驚きを隠せない眞一郎たちであったが、どうやら壊れているらしいソレを父親の友人である
時計屋の玄じいさんに見てもらうことにする。



修理を終え、あんどろいど少女を起動させる眞一郎。
「ご主人様！」といきなり眞一郎に抱きついてくる、あんどろいど少女。
「アリサ」と形式名を乗った少女は、自分は常にマスターの側にいる義務があると言う。
慎一郎たちはアリサをとりあえず、住み込みの女給として雇うことにした。
だが、仕事をさせてみれば、皿は割りまくるし、料理も焦がしまくると、
まるで使い物にならないドジっぷりを発揮するアリサに頭を抱える眞一郎たち。
そんなドタバタした日常の中、不穏な空気が流れ出そうとしていた。



「帝国軍」
帝国の軍隊である彼らが、極秘開発をしていた最終兵器が運搬中に
誤って市中に投下されてしまったのだ。
「その存在を民衆に知られるわけにはいかない」と帝国軍人、竜ヶ崎大紋は
配下の軍に最終兵器の秘密裏の奪回を命じる。
その最終兵器とは、コードネーム「ARISA」、戦闘用あんどろいどだった。